Funktionell gesehen stellt der Mastdarm einen Kotspeicher dar, der die kontinuierliche Kotabgabe verhindert. Er schließt sich direkt an das Colon sigmoideum an und weist ähnlich wie dieses eine S-förmige a/p- und seitliche Krümmung auf (Flexura sacralis, anorectalis und lateralis). Typischerweise wird der Mastdarm in drei Abschnitte eingeteilt:
1. Ampulla recti (Hauptspeicher, ventral des Os sacrum)
2. Canalis analis (s.u., Verschlussregion zwischen der Flexura anorectalis und der Hautöffnung)
3. Zwischen 1. und 2. ein nicht näher bezeichneter Abschnitt, der rechtwinklig aus 1. hervorgeht und ebenso rechtwinklig in 2. übergeht. Hier finden sich in der Schleimhaut typische Falten (Kohlrausch-Falten).
Nachbarstrukturen des Rektums sind nach dorsal Kreuz- und Steißbein, lateral neben der A. und V. iliaca int. die regionalen Lymphknoten, der Plexus sacralis und Anteile des autonomen Nervensystems sowie Ureter und Adnexen. Ventral liegen beim weiblichen Organismus Uterus und Vagina, beim Mann die Harnblase und Prostata/Bläschendrüse. Kaudal befindet sich der Beckenboden.